Промислове місто Конотоп у залученні інвестицій, в т.ч. іноземних, в порівнянні з іншими регіонами області, пасе задніх. На думку Олександра Кириченка, заступника голови Сумської ОДА, незадовільний фінансово-економічний стан міста знижує використання власних коштів як джерела впровадження інновацій в виробництво. В поточному році інноваційна діяльність підприємств погіршилась: якщо в 2002 році нею займалось 11 підприємств, то в цьому році - лише 4. Інноваційної продукції було вироблено на 19,9 млн. грн. , що складає лише 11, 9 % до загального обсягу.

Олександр Кириченко вважає, що міським підприємствам не вистачає тісних звязків між наукою і виробництвом. На його думку, успішна діяльність підприємств залежить від інвестицій, але ситуація тут теж досить напружена. За останні роки в Конотопі спостерігалось зменшення капіталовкладень: в 2002 році склали 11,6 млн. грн., що склало 98,4 % до попереднього 2001 року; протягом 9 місяців цього року освоєно лише 7,2 млн. грн. капіталовкладень, що на фоні області складає лише 1,4 % (для порівняння у місті Ромни цей показник становить 4,1 %, у Шостці 2,8 %).